Di Genikan, desa terpencil di lereng Gunung Merbabu di Jawa Tengah, sebuah komunitas yang jauh dari hiruk-pikuk sedang menghadapi perubahan tanpa mengetahui penyebabnya. Muryati dan Sudardi, pasangan petani berusia tiga puluhan, berusaha memahami kenapa hujan turun lebih banyak dibandingkan pada tahun-tahun sebelumnya. Sementara itu, Arifin yang berusia 12 tahun menghadapi pertanyaan berbeda: Seperti apa masa depan yang menantinya?

Dengan irama perjalanan visual yang bergerak perlahan, “Negeri di Bawah Kabut” menyoroti kehidupan keluarga ini dan menggambarkan cara hidup yang hampir tergusur oleh zaman. Film dokumenter ini membuka wawasan mengenai kelompok masyarakat terpinggirkan yang luput dari perhatian dan sedang berjuang keras untuk mempertahankan keberadaannya.